Allá por 1973, los vecinos del santurtziarra barrio de San Juan, ilusionados ante el apogeo que experimentaba el fútbol entre los jóvenes por aquellas fechas, deciden crear un equipo federado que les representase por todos los campos de la geografía vizcaína. Así nace el Dinamo San Juan,encabezados por dos prohombres, dos humildes pioneros fundamentales en su historia: José Hernández “Pepe” y Nemesio coco, quien se hizo cargo de la presidencia en los primeros pasos del club, los más difíciles.

Han transcurrido 34 años desde entonces, pero, hoy en día, la entidad morada ha salido del anonimato para pasar a ser obligada actualidad del fútbol regional en Bizkaia.

En la historia reciente del Dinamo San Juan cabe destacar el ascenso a Preferente en la temporada 1998/99 la que quedara grabada con letras de oro en el libro de la entidad santurtziarra. Tras una alentadora primera vuelta (concluida en 5° posición), los pupilos de Carlos Alba destrozaron a sus rivales en la segunda vuelta, en la que únicamente cayeron derrotados en dos ocasiones.

Fue un 23 de Mayo de 1999, cuando el muzkiztarra campo de Malecón asistió atónito al advenimiento de una gran concentración humana, cercana al millar de personas, que llegaba a Somorrostro para llevar al Dinamo en volandas hacia la preferente. Los morados lo tenían todo a favor; les bastaba un empate, e incluso una derrota podría valer, siempre que el Aranguren, su único rival en la pugna por el ascenso, no fuese capaz de sumar los tres puntos en el partido que, simultáneamente, le media al Abanto.

Pero el destino, casi caprichoso, tenía reservado un desenlace final digno de Hitchcock. El Somorrostro, que nada se jugaba en el envite más que su honrilla, supero claramente (2-0) a un Dinamo atenazado por la tremenda presión. Entretanto en Aranguren, los locales lo habían pasado mal pero habían remontado su desventaja, y ganaban 3-2 en el descuento. Mientras, los jugadores santurtziarras se desplomaban con la fe perdida en un milagro que pocos esperaban… este llegó. El empate del Abanto, que llegó en el minuto 95, sello el pasaporte del nuevo Dinamo Preferente.

Este ascenso llego en el último año de Emilio del Teso en la presidencia del club.

Después de dos temporadas en Preferente el Dinamo San Juan descendió a primera regional, categoría en la que se ha mantenido hasta la temporada 2005/06, en la que después de una temporada muy irregular el Dinamo se vio abocado al descenso a Segunda Regional.

Esta temporada después de un magnifico arranque de temporada, en la que estuvimos luchando por los primeros puestos, una mala racha de resultados nos alejo de la cabeza de la tabla. Pero un buen final de temporada nos permitió soñar con un posible ascenso a Primera regional. Después de hacer lo más difícil que era colocarse en las posiciones de ascenso, una mala ultima jornada, en la que caímos derrotados, nos llevo a descender a la 4° plaza que no nos dejaba opción alguna a un posible ascenso.

Entre tanto, el club empezó o continuó una lucha que llevaba varios años, que era la construcción de un campo de futbol de hierba artificial, y tras duras negociaciones, el club se vio involucrado en una lucha por la supervivencia ya que el campo fue derruido y el club tuvo que marchar a las instalaciones del C.D SANTURTZI  y las del GAZTEAK C.F.

En la temporada 2007/2008 en la cual hubo un cambio de directiva, ya que la presidida por D. Andrés Barrero acababa su ciclo y dada la situación en la que se encontraba el club, en el destierro, con poca ayuda económica e innumerables contratiempos, el joven D. Alejandro Díaz  acompañado con un grupo de gente del barrio y algunos jugadores se hacen cargo del club, estando a punto de subir al equipo al final de esta temporada pero al igual que la anterior, el equipo en los últimos partidos pierde el ascenso.

Ya metidos en la actual temporada ya que el club continua el destierro vivido las ultimas temporadas, consigue por fin movilizaciones y acontecimientos que provocan un inicio en las gestiones del nuevo campo, esperando este ser un año, o mejor dicho, el año del DINAMO DE SAN JUAN C.F., donde el equipo suba de categoría, el ansiado campo sea terminado y poder volver a trabajar el fundamento del club, la cantera de este.